استاد حسيني (ره) نگاهي كلان به نظام علمي داشته‌اند و ارتباطي مبنايي بين علوم حوزوي و علوم دانشگاهي تعريف كرده‌اند. از نگاه ايشان حوزه علميه مكلّف است تا با روش اِستناد، احكام حكومتي را از اَسناد يعني كتاب و سنت استخراج نمايد. ايشان مبادي و مباني چنين علم استنادي را تشريح نموده‌اند و به لوازمات آن پرداخته‌اند، اما به خود ِ اين علم و مسائل آن نپرداخته‌اند. محصول اين شيوه تفقه، نظامي مرتبط از احكام فقهي‌ست كه با يكديگر مرتبط و هماهنگ مي‌باشند. اين احكام فقهي براي اين‌كه قابل پياده‌سازي باشند، نيازمند معادلاتي مي‌باشند. ايشان از يك روش تحقيق و پژوهشي صحبت كرده‌اند كه سرفصل‌هاي مفصّل‌تري از روش تحقيق مرسوم در علم فيزيك و يا ساير علوم تجربي دارد. اگر چه خود ِ اين روش تحقيق را توليد نكرده‌اند، ولي روش دستيابي به آن را فهرست نموده و درباره آن سخن گفته‌اند. بحث ايشان از اين نقطه آغاز مي‌شود كه «تكامل انتظارات» اولين نقطه حركت به سوي طراحي روش تحقيق جديد است كه طي مراحلي به توسعه نظام‌هايي منجر مي‌شود: نظام حدود اوليه، نظام اصول موضوعه، نظام اصطلاحات، نظام تعريف، نظام معادله، نظام اركان، نظام ابزار و نظام آزمون. سپس بعد از تحوّل و توسعه اين نظامات سه دسته پژوهش كتابخانه‌اي، نظري و كاربردي مورد نياز است. ايشان در اين باره يك دوره مفصل بحث دارند كه به صورت جزوه نيز منتشر شده است. اما تمام اين بحث‌ها صرفاً بيان يك شيوه و روش براي توليد روش تحقيق است كه نام آن را چنين گذاشته‌اند: «توسعه كارآمدي روش تحقيق در علوم كاربردي» البته با رويكرد اسلامي. بيشتر مباحث استاد حسيني (ره) بر مباني و ريشه‌هاي تحوّل در علوم متمركز شده است. اما در بُعد معرفت‌شناسي، ايشان نظريه جديدي براي دستيابي انسان به علم تعريف كرده‌اند كه مبتني بر «تناسب» مي‌باشد. ايشان تنها راه ارتباط انسان با واقعيت را «نسبت‌ها» مي‌داند. زيرا ما راهي به ذوات و درك كنه واقعيت اشياء نداريم. ما تنها آثاري را درك مي‌نماييم كه اين آثار شبيه آن‌چه در مباني نظري كوانتوم تحت عنوان «اثر مشاهده‌گر» گفته مي‌شود، متأثر از خود بيننده هم هست و واقع را آن‌طور كه واقعاً‌ هست نشان نمي‌دهد...